پس از تبعید برادران قشقایی دولت سیاستی نو را برای واداشتن قشقایی‌ها به زندگی شهرنشینی در پیش گرفت. کمیابی مراتع، توسعه سرمایه‌داری، محدودیت‌های ایجاد شده توسط دولت و تضعیف نهادهای طایفه‌ای اختلالات گسترده‌ای پدید آورد که زندگی عشایری را ناممکن می‌ساخت، همه اینجا سبب شد که هزاران ایلیاتی دست به مهاجرت به شهرهایی چون شیراز، آبادان، بوشهر و اهواز بزنند و به عنوان کارگر در صنایع نفت و کارخانجات مشغول به کار شوند. تغییر در شیوه زندگی، مهمترین مانع در مسیر کنترل مستقیم دولت بر قشقایی‌ها، یعنی اتحاد ایشان را از بین برد چنانچه دولت در ۱۹۶۳ اعلام کرد که دیگر ایلی وجود ندارد و چنان بر پیروزی خویش مطمئن شده‌بود که اجازه اقامت ملک‌منصورخان و محمدحسین‌خان را در ایران و در جایی خارج از فارس را داد

در جریان ملی شدن نفت برادران قشقایی همگی از مصدق، حمایت گسترده‌ای کردند. قشقایی‌ها از زمان والی گری مصدق در فارس با او ارتباط دوستانه‌ای داشتند به همین خاطر و همچنین به خاطر مبارزه همیشگی شان با پهلوی‌ها، برادران قشقایی به عضویت جبهه ملی درآمدند. در بررسی قرارداد گس-گلشائیان خسرو قشقایی به عنوان منشی مصدق مشغول بود. در کمیسیون نفت برای بررسی ملی شدن نفت نیز وی تلاش‌های بسیاری در کنار مصدق کرد.[۱۴] با آغاز نخست وزیری مصدق تحرکات قشقایی‌ها نیز گسترده‌تر شد، در ۱۳۳۰ خسرو و ناصر قشقایی به آمریکا سفر کردند و به وسیله مطبوعات و محافل سیاسی آن کشور سعی در نشان دادن حقانیت ایران کردند.[۱۵] همچنین در دی ماه همان سال دکتر مصدق از ناصر قشقایی که برای بیماری پسرش به آمریکا رفته بود خواست که برای نفت ایران بازاریابی کند، وی نیز خریدارانی یافت که البته چون خرید را منوط به توصیه دولت آمریکا کرده بودند نتیجه‌ای نداد. وی در این سفر مصاحبه‌هایی نیز انجام داد و وزیر خارجه آمریکا را به طرفداری از انگلیسی‌ها متهم نمود و اظهار کرد در صورت حمله هر قدرت خارجی به ایران ایل قشقایی به جنگشان خواهد رفت. همین صحبت‌ها انگلیسی‌ها و دربار را واداشت تا دست به تحریکاتی علیه قشقایی‌ها بزنند و شایع شود که قشقایی‌ها قصد شورش در برابر دولت دارند. برای پایان دادن به این مسائل ناصرخان در سخنرانی ای در مجلس سنا حمایت همه‌جانبه‌اش را از مصدق اعلام کرد و در نامه‌ای به مصدق اظهار داشت که حاضر است یک سوم زمین‌های کشاورزی اش را در اختیار دولت بگذارد تا صرف هزینه‌های جاری دولت شود. در قیام سی تیر ۱۳۳۱ مردم را به قیام دعوت نمودند و همچنین تهدید کردند که برای حمایت از مصدق در فارس به پادگان شیراز حمله خواهند نمود.[۱۶] پس از سی تیر نیز ارتش به اقداماتی علیه ایل قشقایی دست زد که ناصر قشقایی ارتش را متهم کرد که برای حفاظت از منافع انگلیسی‌ها وارد عمل شده‌است، البته با پیگیری‌های مصدق این تنش‌ها پایان یافت. در جریان اختلاف میان اعضای جبهه ملی برادران قشقایی در کنار مصدق ماندند و تلاش بسیاری برای کنار آمدن اعضای جبهه انجام دادند.[۱۷] در ۲۷ فروردین ۱۳۳۲ زمانی که اعضای حزب برادران که مخالف مصدق بودند به دفتر اصل چهار در شیراز حمله کردند، کارمندان آمریکایی آن به یاری محمد بهمن بیگی به باغ ارم شیراز منتقل شدند و مورد حمایت قشقایی‌ها قرار گرفتند، همچنین ناصرخان تعدادی زیادی از تفنگچیان قشقایی را برای حمایت از ایشان به شیراز فرستاد. در این دوران انگلیسی‌ها که از قشقایی‌ها بیمناک شده بودند دست به تحریک ایلات دیگر برای مقابله با قشقایی‌ها زدند که با هوشیاری ناصرخان نتیجه نداد.

پس از اشغال ایران در جنگ جهانی دوم، زمانی که رضاشاه از سلطنت استعفا داد، ناصرخان و برادرش خسروخان از تهران گریختند و با شتاب به سوی فارس رفتند. ناصرخان خود را ایلخان نامید، کنترل تمامی اراضی ایل قشقایی را به دست گرفت و دستور به از سرگیری کوچ داد. او انگلیسی‌هراسی و ماهی گرفتن از آب گلالود را از پدرش به ارث برده بود. با اطمینان از اینکه یورش آلمانی‌ها به سمت قفقاز آغازی برای لشکرکشی شان به ایران و آزادی ایران از دست انگلیسی‌ها منفور است، او نیز همچون پدرش تصمیم گرفت که در یک درگیری جهانی دیگر سمت آلمانی‌ها را بگیرد. در بهار ۱۹۴۲ زمانی که آگاه شد یکی از عوامل آلمانی به نام شولتسه هولتوس در تهران پنهان شده‌است، به فارس فراخواندش. پس از آن هولتوس به فیروز آباد آمد و مشاور نظامی ناصرخان شد.[۱] همزمان دو تن از برادران ناصرخان به نام‌های ملک منصورخان و محمدحسین خان که در انگلستان تحصیل می‌کردند به آلمان رفته بودند و به عضویت ارتش آلمان در آمده بودند. به تصور قشقایی‌ها در صورت پیروزی آلمان بر متفقین، ناصر خان به عنوان مدعی اصلی تاج و تخت ایران مطرح می‌شد و حتی در بین قشقایی‌ها شایع شده بود که هیتلر، ناصر خان را به عنوان پادشاه ایران برگزیده‌است.[۷] انگلیسی‌ها که از اتحاد ارتشیان هوادار آلمان با قشقایی‌ها (اتحاد میلیون ایران) بیمناک شده بودند، نخست کوشیدند با پیشنهاد پرداخت پنج میلیون تومان وجه نقد و حمایت از خودمختاری قشقایی‌ها با آنها کنار بیایند. پس از نتیجه ندادن مذاکرات، انگلیسی‌ها سرلشکر زاهدی را از اصفهان ربوده به فلسطین تبعید کردند، قوام الملک را به حرکت واداشتند و دولت ایران را وادار کردند تا سپهبد شاه‌بختی را فرمانده نیروهای جنوب و به استانداری فارس منسوب کند.[۸] شاه‌بختی قصد داشت با استقرار نیرو و بمباران مسیرهای کوچ، قشقایی‌ها را به بیابان‌ها براند که با عبور قشقایی‌ها از مسیرهای صعب العبور کوهستانی ناکام ماند.[۹] جنگ در اردیبهشت ۱۳۲۲ با حمله نیروهای تحت فرمان شاه‌بختی به قشقایی‌ها آغاز شد. در آغاز قشقایی‌ها پیروزی‌های زیادی به دست آوردند اما با یورش نیروهای ایلات خمسه به رهبری قوام که توسط انگلیسی‌ها تجهیز شده بودند ورق برگشت و ناصرخان دستور عقب‌نشینی داد.

در دوره پادشاهی رضاشاه، قشقایی‌ها از سختی‌های بسیاری آسیب دیدند. در سال ۱۹۲۶ صولت الدوله و پسر بزرگش ناصرخان به عنوان نمایندگان مجلس جدید به تهران فراخوانده شدند، اما به زودی دریافتند که در حقیقت زندانیان شاه هستند. آنها وادار به همکاری با دولت مرکزی در خلع سلاح ایل قشقایی شدند. پس از آن از مصونیت نمایندگی شان خلع شده و روانه زندان شدند. در همین حال فرماندهان نظامی، در راس طوایف مختلف قشقایی قرار گرفتند، ایلیاتی‌ها وادار به پیروی از قانون بسیار منفور خدمت اجباری شاه شدند و نظام جدید مالیاتی ای به اجرا گذاشته شد که همواره مورد سوء استفاده مأموران فاسد مالیاتی بود

در انقلاب مشروطه فارس تبدیل به عرصه آشوب بی‌سابقه دو گروه رقیب، برای تسلط به آن شده بود. در آغاز، در پی حمایت خاندان قوام از سلطنت طلبان، قشقایی‌ها در صف حامیان مشروطه درآمدند. بعدتر که بختیاری‌ها بر تهران تسلط پیدا کردند و قوام درکنار آنها قرار گرفت، صولت الدوله اتحادی ضد بختیاری و ضد قوامی با شیخ خزعل و سردار اشرف والی پشت کوه برقرار کرد که به اتحاد جنوب معروف شد.[۱]


جنگ داخلی در فارس با شدتی بیشتر در گرفت زیرا بریتانیا نیز در آن دخالت می‌کرد. بریتانیایی‌ها که انحصار نفت را در خوزستان در دست داشتند از اتحاد جنوب احساس خطر می‌کردند. آنها همچنین از راهزنی‌های بسیار و عوارض زیادی که نیروهای عشایری در جاده بوشهر-شیراز (که شریان اصلی تجارت بریتانیا در ایران بود) طلب می‌کردند بیمناک شده بودند. چون این راه از میان زمین‌های قشقایی‌ها می‌گذشت بازرگانان بریتانیایی صولت الدوله را مقصر می‌دانستند. از همین رو کنسولگری بریتانیا در شیراز به یکی از کانون‌های هوادار قوام در شیراز تبدیل شد. در ژوئیه ۱۹۱۱ زمانی که نیروهای قشقایی همراه نیروهای فرماندار هوادار قشقایی، ناظم السلطنه، به طور ناگهانی به مواضع قوام در تمام شهر یورش بردند، آشفتگی در فارس به اوج خود رسید. در جنگ جهانی اول، فارس بار دیگر به آشفته بازار تبدیل شد. زمانی که انور پاشا اعلام جهاد کرد، عثمانی‌ها و آلمانی‌ها بر این باور بودند که مسلمانان از شمال آفریقا تا شمال هندوستان علیه متفقین قیام خواهند کرد و ایران و افغانستان بی طرف مجبور به طرفداری از ایشان خواهند شد. آلمانی‌ها در نظر داشتند که عوامل گسترده‌ای را به این دو کشور بفرستند، اما زمانی که طرح آنگونه که می‌خواستند پیش نرفت در آخر آلمانی‌ها تنها دو گروه کوچک از عواملشان را به ایران و افغانستان فرستادند

با شکست لطفعلی خان از آقا محمد خان و تأسیس سلطنت قاجار، جانی خان و اقوامش به کوه‌های زاگرس پناه بردند، جایی که ایشان تا مرگ آقامحمد خان در آن پنهان بودند. آقا محمد خان انتقامش را از ایل قشقایی با فرستادن قسمتی از ایل به شمال ایران گرفت، از سوی دیگر در همان دوران بسیاری از طوایف لر و کردی که به همراه کریم خان زند به فارس آمده بودند به ایل قشقایی پیوستند و همین سبب افزایش قابل ملاحظه جمعیت ایل شد.[۱]


در ۱۸۱۸ جانی خان مقام ایلخانی را به دست آورد، فسایی مدعی است که این اولین بار است که از این عنوان در فارس استفاده شده‌است. پس از آن تمامی روسای بعدی قشقایی‌ها این عنوان را یدک می‌کشیدند. پس از جانی خان، فرزند ارشدش محمدعلی خان جانشین وی شد. با اینکه محمدعلی خان همواره مریض بود و بیشتر از باغ ارم شیراز ایل را رهبری می‌نمود، قدرت خارق‌العاده به دست آورد. نه تنها قشقایی‌ها بلکه دیگر ایل‌های مهم فارس از جلمه بهارلو، آینالو و نفر نیز تحت اقتدار او بودند. او همچنین روابط خوبی با قاجارها برقرار کرد، با دختر حسین‌علی‌میرزا فرمانفرما حاکم فارس ازدواج کرد و همچنین تصمیم داشت که یکی از دختران محمد شاه قاجار را به ازدواج یکی از پسرانش در آورد. اما در نهایت به تهران فراخوانده شد و مجبور به اقامت در دربار شد.[۱]


محمدعلی خان در اوایل سلطنت ناصرالدین شاه به شیراز بازگشت و سه سال بعد درگذشت و برادرش، محمد قلی خان، که البته قدرتش به خاطر ثبات دولت مرکزی محدودتر بود، جانشین وی شد.[۱] در ۱۸۵۰ میلادی پنج محله نعمتی شیراز به ضدیت با خانواده حاج ابراهیم کلانتر که قدرت آنها در پنج محله نعمتی نهفته بود برخاستند و با قشقایی‌ها متحد شدند. همزمان بختیاری‌ها و بویر احمدی‌ها به خاطر درگیری‌های داخلی از مقابله با قشقایی‌ها بازماندند و می‌رفت که قشقایی‌ها قدرت برتر فارس شوند. قاجاریان که بیمناک شده بودند به پسر بزرگ حاج ابراهیم کلانتر، علی محمد خان عنوان قوام الملکی دادند و وی را حکمران فارس کردند و همچنین پنج ایل باصری، عرب، نفر، بهارلو و اینانلو را با عنوان خمسه متحد کردند و ایلخانی اش را به قوام دادند تا مقابل قشقایی‌ها بایستند.[۵] با مرگ محمدقلی خان پسر دائم‌الخمرش سلطان محمد جای وی را گرفت. در دوران ریاست ضعیف او ایل با بزرگترین بحرانش، قحطی ۱۸۷۰ روبرو شد. با اینکه وی تا زمان مرگش عنوان ایلخانی را حفظ کرد اما عملاً کاره‌ای نبود و خان‌های سطح پایین‌تر قدرت را در دست داشتن و این آغازی شد بر از هم پاشیدگی ایل. به علاوه حدود ۵۰۰۰ خانوار قشقایی به ایل بختیاری پیوستند، به همین تعداد جذب ایلات خمسه شدند و حدود ۴۰۰۰ نفر نیز در روستاهای مختلف یکجانشین شدند

زمانی که کریم خان زند از اصفهان حکم می‌راند، اسماعیل خان در نامه‌ای از او درخواست کرد که بگذارد که ایلش به فارس بازگردد. کریم خان به این درخواست پاسخ مثبت داد و قشقایی‌ها این امکان را یافتند که به فارس بازگردند. بعدها اسماعیل خان به یکی از معتمدین وی تبدیل شد. برخی بر این گمانند که شخص نابینا ایستاده در کنار کریم خان، در یکی از تابلوهای متعلق به آن دوران که در موزه بریتانیا نگهداری می‌شود اسماعیل خان است.[۱]


در دوران آشوبناک پس از مرگ کریم خان، اسماعیل خان به خاطر ارتباط نزدیکی که با زکی خان داشت ادعای فرمانداری فارس را کرد اما پس از کشته شدن زکی خان توسط جانشینش علی مراد خان اعدام شد. تنها فرزند اسماعیل خان جان محمد خان، که به جانی خان مشهور بود پس از او به ریاست رسید و از جعفرخان زند پشتیبانی کرد. در ۱۷۷۸ میلادی، آقامحمدخان قاجار علیه قشقایی به گندمان لشکرکشی کرد، اما قشقایی‌ها که از این امر آگاه شده بودند به کوه‌ها پناه بردند و نجات یافتند. پس از ترور جعفرخان، جانی خان از فرزند او لطفعلی خان پشتیبانی کرد

روسای قشقایی‌ها همواره به طایفه شاهیلو از طایفه عمله قشقایی تعلق داشته‌اند. نخستین رئیس شناخته شده ایل، امیر غازی شاهیلو، در قرن شانزدهم می‌زیسته و مقبره‌اش در روستای درویش از توابع گندمان است. ظاهراً مرد مقدسی بوده به همین خاطر مردم به زیارت قبرش می‌روند. بنا به افسانه‌ها او شاه اسماعیل صفوی را در تثبیت مذهب تشیع در ایران یاری نموده. با این حال تنها در آغاز قرن هجدهم میلادی است که نقش قابل توجه قشقایی‌ها در تاریخ فارس آغاز می‌شود. در آن زمان ریاست قشقایی‌ها بر عهده شخصی به نام جان محمد آقا بوده که بیشتر با نام جانی آقا شناخته می‌شود. بنا به افسانه‌ها، فرزندان جانی آقا، اسماعیل خان (رئیس بعدی ایل) و حسن خان نقش مؤثری در فتح هندوستان توسط نادرشاه داشته‌اند. اما حقیقت این است که آنها مورد خشم خان افشار قرار می‌گیرند و نادر اسماعیل خان را کور می‌کند و حسن خان را می‌کشد. در ادامه قشقایی‌ها مجبور به کوچ به دره گز، کلات نادری و سرخس در خراسان می‌شوند

قشقایی‌ها عموماً بر این باورند که اجدادشان به عنوان قراولان لشکر هلاکوخان و تیمور از ترکستان به ایران آمده‌اند. در حالی که ورودشان در زمان مهاجرت‌های بزرگ قبیله‌ای قرن یازدهم میلادی محتمل‌تر است. همه گمانه‌ها در این که ایشان پیش از ورودشان به فارس، مدتی در شمال غربی ایران حضور داشته‌اند متفق‌اند. تا همین اواخر قبیله‌ای با نام مغانلو در میان قشقایی‌ها حضور داشته، که مسلماً نام خود را از دشت مغان در شمال اردبیل گرفته بوده‌است. همچنین احتمال داده می‌شود که طوایف آق قویونلو، قراقویونلو، بیگدلی و موصلو گذشته‌شان به شمال غرب ایران مربوط باشد. غیر از این قشقایی‌ها غالباً اردبیل را به عنوان سرزمین گذشته‌شان معرفی می‌کنند. به نظر می‌رسد، در یک دوره ارتباط نزدیکی میان خلج‌ها و قشقایی‌ها وجود داشته‌است. برخی نویسنده‌ها از جمله حسن فسایی، تا آنجا رفته‌اند که قشقایی‌ها را شاخه‌ای از خلج‌ها دانسته‌اند. مینورسکی معتقد است که مهاجرت خلج‌ها به فارس و ترکیب شدنشان با قشقایی‌ها این فرضیه را ایجاد کرده‌است. بقایای خلج‌ها در میان قشقایی‌ها قابل تشخیص هستند. غیر از آن خلج‌های یکجانشینی در فلات دهبید موجود اند که گمان می‌رود زمانی که هنوز زندگی عشایری داشته‌اند جزوی از ایل قشقایی بوده‌اند. نام طوایف قشقایی نشان می‌دهد که غیر از خلج‌ها، گروهی از طوایف افشار، بیات، قاجار، قراگوزلو، شاملو و ایگدر نیز به این اتحادیه ایلی پیوسته‌اند.

تردیدها در ریشه‌شناسی نام قشقایی زیاداست. قابل‌قبول‌ترین نظر در این‌باره نظری است که نخستین بار توسط واسیلی بارتلد داده‌شده‌است. به نظر بارتلد، نام قشقایی از واژه ترکی قشقا به معنی «اسب پیشانی سفید» آمده‌است. نظر دیگری هم هست که نخستین بار توسط حسن فسایی در فارسنامه ناصری مطرح شده‌است. طبق نظر فسایی نام قشقایی از واژه ترکی قاچماق به معنی «فراری» آمده‌است